Il setup volge quasi al termine: è il momento di intonare la Stratocaster!
Come? 
Una chitarra accordata non è necessariamente intonata. Per chitarra intonata s'intende che le note eseguite su tutti i tasti della Stratocaster corrispondono esattamente, verificandole con l'accordatore, alla nota corrispondente.

• Accordiamo perfettamente la chitarra e ricontrolliamo la curvatura del manico prima di procedere.
• La chitarra deve essere in posizione d'uso, quindi non sdraiata sul tavolo, ma sulle nostre gambe come se stessimo suonando.
• Suoniamo la corda di Mi basso a vuoto.
• Suoniamo la stessa corda al dodicesimo tasto. Se la nota è crescente, dovremo spostare la selletta della corda indietro, allontanandola dal manico, ruotando la relativa vite sulla coda del ponte in senso orario; se è calante, dovremo spostarla in avanti, avvicinandola al manico e ruotando la vite in senso antiorario. Per evitare di forzare le viti delle sellette a volte potrebbe essere necessario allentare prima la corda.
• Ripetere per tutte le corde. 

Se la nota è crescente, dovremo spostare la selletta della corda indietro ruotando la vite sulla in senso orario; se è calante, dovremo spostarla in avanti, ruotando la vite in senso antiorario

Il segreto di un’ottima intonazione è suonare le due note (a vuoto e al dodicesimo) come suoniamo sempre: quindi con la giusta pressione della mano sinistra sul tasto e la giusta forza nel plettrare.
Per un'intonazione più accurata è possibile controllare l'accordatura anche prima e oltre il dodicesimo tasto.
Dopo aver regolato l'intonazione, occorre stirare nuovamente le corde, come già visto in precedenza.​
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